- a -

• aa_to_num() : HostUtils::Sequence
• AlignStatic() : Align::Rectangular , Align::Fixed
• ArrangeTBP() : Align
• ArrSet() : Utils::Init

- b -

• base_to_num() : HostUtils::Sequence

- c -

• ChunkCompute() : Align::Rectangular , Align::Fixed
• ChunkMax() : Align
• Compute() : ALIGN_TYPE::PE
• Copy() : Utils::Array
• CopyColScore() : Align

- d -

• DetermineFixedBandingGlobalTracebackCoordinate() : Utils::Init
• DetermineGlobalTracebackCoordinate() : Utils::Init

- e -

• extract_direction() : Traceback

- i -

• InitCol() : ALIGN_TYPE::Helper
• InitializeChunkColScore() : Align
• InitializeChunkCoordinates() : Align
• InitializeMaxScores() : ALIGN_TYPE
• InitializeScores() : Align , ALIGN_TYPE
• InitRow() : ALIGN_TYPE::Helper

- l -

• Linspace() : Utils::Array , Utils::Init

- m -

• MapPredicate() : Align::Rectangular , Align::Fixed
• MultipleSequencesToProfileAlign() : HostUtils::Sequence

- n -

• nav_to_string() : HostUtils::Sequence
• NavigationToString() : HostUtils::Sequence
• NextAddress() : Traceback
• NextAddressFixedSize() : Traceback
• num_to_aa() : HostUtils::Sequence
• num_to_base() : HostUtils::Sequence

- p -

• PEUnroll() : PE
• PEUnrollFixedSep() : PE
• PEUnrollSep() : PE
• pointer_to_coordinate() : Traceback
• PrepareArrayInput() : Compat
• PrepareLocalQuery() : Align
• PrepareLocals() : Align::Fixed , Align
• PrepareScoreBuffer() : Align
• PrepareScoresArr() : Align
• PreserveRowScore() : Align
• print_1d() : DebugUtils::Translate
• print_2d() : DebugUtils::Translate
• print_3d() : DebugUtils::Translate

- r -

• read_sequences_from_json() : HostUtils::IO
• readFasta() : HostUtils::IO
• ReconstructTraceback() : HostUtils::Sequence
• ReconstructTracebackBlocks() : HostUtils::Sequence
• ReconstructTracebackOverlapSuffixPrefix() : HostUtils::Sequence
• ReconstructTracebackOverlapSuffixPrefixBlocks() : HostUtils::Sequence
• ReconstructTracebackProfile() : HostUtils::Sequence
• ReconstructTracebackSemiglobal() : HostUtils::Sequence
• ReconstructTracebackSemiglobalBlocks() : HostUtils::Sequence
• ReductionMaxScores() : Align::FindMax

- s -

• score_mult() : SolutionUtils::Profile
• Sequence() : Random
• SequenceComplex() : Random
• SequenceProfileAlignment() : Random
• ShiftLeft() : Utils::Array
• ShiftPredicate() : Align
• ShiftReference() : Align
• ShiftRight() : Utils::Array
• state_initial() : Traceback
• state_to_path() : Traceback
• StateInit() : ALIGN_TYPE::Traceback
• StateMapping() : ALIGN_TYPE::Traceback
• Switch() : Utils::Array
• SwitchDimension() : HostUtils::IO

- t -

• test_compute_chunk_arr() : Testbench
• test_compute_chunk_sob() : Testbench
• test_stream_pe() : Testbench
• test_task_channel_pe() : Testbench
• top_level_radin_line() : Utils::Kernel
• top_level_readin() : Utils::Kernel
• top_level_writeout() : Utils::Kernel
• Traceback() : Traceback
• TracebackFixedSize() : Traceback
• TracebackOptimized() : Traceback
• translate() : DebugUtils
• translate_1d() : DebugUtils::Translate
• translate_2d() : DebugUtils::Translate
• translate_3d() : DebugUtils::Translate
• translate_multilayer() : DebugUtils
• translate_scores() : DebugUtils
• translate_vec() : DebugUtils

- u -

• UpdateDPMem() : Align
• UpdateDPMemSep() : Align
• UpdateDPMemSet() : Align
• UpdateDPMemShift() : Align
• UpdatePEMaximum() : ALIGN_TYPE
• UpdatePEOffset() : Align